Mikrobiyota bağışıklık sisteminin gelişimini ve işlevini düzenleyen önemli bir yapıdır. Bağışıklık sistemi mikroplara, zararlı , yabancı maddelere saldırarak vücudu korur fakat kendi dokularına tepki vermez yani onları tolere eder. Otoimmünite bağışıklık sisteminin yanlış bir tepkisidir ve kendi hücrelerine saldırır, hasar verir. Tahmini insidansı dünya çapında yaklaşık % 3-5'dir. Tam olarak nedeni anlaşılamamıştır; ancak çevresel faktörler (yaşam tarzı, diyet, ilaçlar, enfeksiyonlar) ve bazı genetik yatkınlıklar sorumlu tutulmaktadır. Otoimmünitede esas sorumlu bağışıklık sisteminin tolerans kaybıdır. Mikrobiyota doğum ile birlikte bağışıklık sisteminin gelişimi ve eğitiminde, tolerans-intolerans dengesinin kurulmasında önemli rol oynar. Tolerans kaybı mikrobiyota kompozisyon değişikliğinden kaynaklanabilir ve bu nedenle insan mikrobiyomu otoimmünite gelişiminde önemli bir oyuncu olabilir.
Diyet, toksinler, ilaçlar ve patojenler dahil olmak üzere çeşitli çevresel faktörler ile mikrobiyota kompozisyonunun değişmesi, koruyucu dost bakterilerin azalması ve bağırsakların bariyer fonksiyonunun bozulması otoimmün ve kronik inflamatuvar hastalıkların, kanserlerin gelişmesinde rol oynar. Romatoid artrit, Sistemik lupus eritematozus, Sjögren sendromu, Anti-fosfolipid sendromu, Crohn hastalığı, Ülseratif kolit, Haşimato troiditi bazı otoimmun hastalıklardır.
Özellikle bazı spesifik mikrobiyal ailelerin bağışıklığı etkileyip otoimmün hastalıkların gelişimi üzerinde etkili olduğu düşünülmektedir. Çalışmalara göre Prevotella /Bacteroides oranı artışı romatoid artrit patogenezinde potansiyel bir risk faktörüdür. Özellikle de Prevotella copri türü burada özel bir önem taşır. Sistemik lupus eritematozusda bağırsak florasında düşük Firmicutes / Bacteroidetes oranı tarif edilmiştir. Aynı zamanda, diğer otoimmün hastalıklar (yani sistemik skleroz, Sjögren sendromu ve anti-fosfolipid sendromu) bağırsak ve ağız florasında mikrobiyota değişiklikleri ile birlikte seyretmektedir. Çok sayıda çalışma, hem Crohn hastalığı(CD) hem de ülseratif kolitte (UC) mikrobiyotanın çeşitliliğinin azalması ve mikrobiyal dengenin bozulması özellikle de Fusobacteriaceae'nin artışı ile ilişkili olduğunu göstermiştir.
Otoimmün bozuklukların önlenmesi ve tedavisi için bağışıklık / mikrobiyota etkileşim mekanizmalarının aydınlatılması önemlidir.
F. De Luca et al. The microbiome in autoimmune diseases . British Society for Immunology, Clinical and Experimental Immunology, 2018; 195: 74–85