Bağırsak bariyerinin hasar görmesi; zararlı bakterilerin ürettiği toksinlerin, yiyecekler yolu ile aldığımız kimyasalların, boya ve katkı maddelerinin vücut içerisine kaçışı; ihtiyacımız olan ve yiyecekler ile aldığımız mineral ve vitaminlerin bağırsaklardan emiliminin bozulması anlamına gelmektedir.
Mikrobiyota yapısındaki dost bakteriler zayıfladığında zararlı bakteriler artarak toksik maddeler salgılamaya başlar. Bağırsak hücreleri hasar görür, hücreler arası sıkı bağlar gevşer ve bağırsak bariyeri bozularak geçirgen hale gelir.
Bakteri toksinleri, kimyasallar, gıda katkı ve boya maddeleri, gıda antijenik yapıları dolaşıma karışır. Toksik ve yabancı antijenik yapıların vücuda kaçışı ile bağışıklık sistemi saldırıya geçerek aşırı tepki oluşturur ve inflamatuvar süreci tetikler. Sinsi seyreden süregen bir inflamasyon yani yangı ortaya çıkar. Kronik inflamatuvar hastalıkların gelişimine zemin oluşturur.
Geçirgen bağırsak ile vücut dolaşımına kaçan toksinler bir süre sonra kan beyin bariyerini de bozarak beyne geçebilirler. Bu durum nörolojik problemlerin nedenidir. (Smythies ve Smythies 2014).
